1、社会稳定风险评估机制的基础理论研究不足，评估缺乏科学系统的理论支撑
由于社会稳定风险评估机制在地方还处于起步阶段，社会稳定风险评估理论层面的研究还在探索阶段。
目前较为成熟的是“利益相关者”理论。该理论是基于利益相关者利益诉求、期望、心理和行为表现的风险评估模型。
利益相关者分析的内容主要包括对利益相关者的利益诉求的合法合理性的分析，对不同利益相关者之间的关联网络、社会网络、社会资本的分析，以及利益相关者之间、利益相关者与项目之间在利益、价值观和心理感受等方面存在的矛盾冲突等内容的分析和评估。
该理论主要是对社会稳定风险评估进行理论构建，探索了社会稳定风险评估的内在规律，但是尚未进入实践应用层面。由于理论基础研究的欠缺将制约社会稳定风险评估机制的运行、效益的提高和持续推进。
2、各地社会稳定风险评估主体各异，评估主体的权威性和中立性不足
在推进社会稳定评估中，各地一般首先建立社会稳定风险评估领导小组，领导小组由地方党委分管领导任组长，由维稳、法制、发改、建设、规划、公安等相关部门参与。领导小组在党委、政府领导下开展工作，将风险评估结果报党委、政府，由党委、政府决定是否实施重大事项。
其次，风险评估领导小组指定或允许重大决策拟定部门作为承办重大决策社会稳定风险评估的单位，指定或允许项目建设单位及其行政主管部门负责指导、协调、预审项目的社会稳定风险评估。
再次，风险评估单位可以在部门内组织人力物力进行评审，也可以委托学术机构开展重点建设项目社会稳定风险评估，形成评估报告后再由评估领导小组办公室牵头各部门进行评议。在实施评估过程中，如果兼有决策和评估职能的部门和单位认为有必要的，可商请维稳、信访部门参与，而不是强制性地要求维稳、信访部门一定参与。
从以上过程可以看出，风险评估领导小组主要起到协调各方的作用，提出决策的职能部门在整个过程中仍然处于主导地位。同一个部门既负责重大政策决策的出台又负责评估和判定这一政策是否会影响社会稳定，风险评估的最后结果往往是肯定而非否定该政策决策和该建设项目，这样的风险评估容易变成“走程序”。
此外，第三方机构的评价也只侧重于外部社会风险指标的定量计算，对政府体系内运作过程因职责交叉、利益阻碍所产生的社会风险认识和评估不足。
3、社会稳定风险评估程序前后不衔接，评估结果难以应用
社会稳定风险评估的目的不仅是要发现风险，而且要有效控制、化解社会风险，从而保障地方重大事项的顺利推进。
 
因此，社会稳定风险评估是从风险识别到风险评估再到风险预警最后到风险控制和防范的连续过程。
一般而言，各地在实践中把社会稳定风险评估的程序分为：确定评估事项—制定评估方案—进行分析预测—形成评估报告—确定实施意见—落实维稳措施等步骤。
对高于标准范围风险的缓行决策、项目等，如何制定针对性、操作性强的应对防范措施，对风险进行跟踪联动，最终控制和排除风险，避免引发重大不稳定因素，地方党委和政府各部门之间的协同配合起着至关重要的作用。
例如，决策提出部门或项目牵头部门在实施评估过程中，其评估中涉及的相关信息是跨部门的，需要维稳和信访部门的参与;在落实维稳措施阶段，决策提出部门由于受到职权和预算的限制，又需要财政部门的协助;对产生的社会矛盾化解又需要民生保障部门，甚至司法部门的参与。但是，目前在评估的过程中，各部门各自为政，相互分割的问题较为严重。